经过查资料，类似Lunarpages的自定义php.ini是需要运行在suPHP的

以suPHP运行时，每个目录下都可以自定义php.ini，也可以用在public_html/.htaccess内写如下语句

suPHP_ConfigPath /home/user/public_html/

来使所有目录包括子目录都应用这个public_html/php.ini，其中user是Cpanel用户名